В Битриксе разработчики или маркетологи видимо не в курсе что данные которые используются для HTTP-аутентификации не обязательно будут совпадать с теми данными которые используются для доступа в Административный раздел Битрикса. А потому навесив собственную Basic Authentication над Битриксом 11 получаем полную невозможность входа в административный раздел в случаях когда логин и пароль от HTTP-аутентификации не совпадают с теми под которыми можно войти в Административный раздел.

Файл отвечающий на эту несправедливость называется ./bitrix/modules/main/tools.php в котором есть идиотский метод ParseAuthRequest().

public static function ParseAuthRequest()
{
    $sDigest = '';

    if(isset($_SERVER['PHP_AUTH_USER']) && $_SERVER['PHP_AUTH_USER'] <> '')
    {
        // Basic Authorization PHP module
        return array("basic"=>array(
            "username"=>$_SERVER['PHP_AUTH_USER'],
            "password"=>$_SERVER['PHP_AUTH_PW'],
        ));
    }
    elseif(isset($_SERVER['PHP_AUTH_DIGEST']) && $_SERVER['PHP_AUTH_DIGEST'] <> '')
    {

    // Дальше нас не интересует

Единственный легальный способ который я сейчас вижу, это добавить в файл ./bitrix/php_interface/init.php такой хак:

if(isset($_SERVER['PHP_AUTH_USER']) && preg_match('#^/bitrix/admin/#ui', $_SERVER['REQUEST_URI'])) {
    $_SERVER['PHP_AUTH_USER'] = '';
}